Alternative content

Luật thuế TNDN hiện hành được Quốc hội khoá XI thông qua ngày 17/6/2003 và có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2004 để thay thế cho Luật thuế TNDN (1997). Tổng kết, đánh giá qua 4 năm thực hiện cho thấy: Nhìn chung, Luật thuế TNDN hiện hành đã đạt được mục tiêu đề ra, đánh dấu bước phát triển quan trọng góp phần cải thiện môi trường đầu tư - kinh doanh, đáp ứng được yêu cầu của thực tiễn phát triển kinh tế - xã hội. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện và trước yêu cầu phát triển kinh tế - xã hội của đất nước trong giai đoạn tới, Luật thuế TNDN đã bộc lộ những nhược điểm, hạn chế cần được nghiên cứu, xem xét, bổ sung và sửa đổi.

I. Sự cần thiết phải ban hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp sửa đổi
Luật thuế TNDN hiện hành được Quốc hội khoá XI thông qua ngày 17/6/2003 và có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2004 để thay thế cho Luật thuế TNDN (1997). Tổng kết, đánh giá qua 4 năm thực hiện cho thấy: Nhìn chung, Luật thuế TNDN hiện hành đã đạt được mục tiêu đề ra, đánh dấu bước phát triển quan trọng góp phần cải thiện môi trường đầu tư - kinh doanh, đáp ứng được yêu cầu của thực tiễn phát triển kinh tế - xã hội. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện và trước yêu cầu phát triển kinh tế - xã hội của đất nước trong giai đoạn tới, Luật thuế TNDN đã bộc lộ những nhược điểm, hạn chế cần được nghiên cứu, xem xét, bổ sung và sửa đổi. 
 1. Những kết quả đạt được
- Thứ nhất, Luật thuế TNDN đã có tác động tích cực trong việc cải thiện môi trường đầu tư, kinh doanh. Luật thuế TNDN hiện hành đã bỏ thu thuế bổ sung và hạ mức thuế từ 32% xuống 28% đối với doanh nghiệp trong nước; bãi bỏ thuế chuyển lợi nhuận ra nước ngoài (3%, 5%, 7%) đối với nhà đầu tư nước ngoài để chuyển từ mức thuế TNDN 25% sang áp dụng chung mức thuế 28% như các doanh nghiệp trong nước. Việc điều chỉnh giảm mức thuế đối với doanh nghiệp trong nước không chỉ tạo thuận lợi cho các doanh nghiệp mới thành lập mà còn tạo thêm tiềm lực tài chính cho các doanh nghiệp đang hoạt động (chủ yếu là doanh nghiệp nhà nước) đổi mới thiết bị, bổ sung vốn đầu tư phát triển sản xuất kinh doanh, nâng cao năng lực cạnh tranh. Theo số liệu thống kê năm 2006, chỉ tính riêng 45 Tập đoàn kinh tế, Tổng công ty nhà nước, vốn kinh doanh đã được tích luỹ, bổ sung thêm gần 5.300 tỷ đồng, quỹ đầu tư phát triển tăng gần 13.000 tỷ đồng và quỹ dự phòng tài chính để phòng ngừa rủi ro trong kinh doanh tăng khoảng 2.000 tỷ đồng. Luật thuế TNDN hiện hành cũng quy định chính sách ưu đãi trên cơ sở chọn mức ưu đãi thuế cao nhất trong Luật khuyến khích đầu tư trong nước và Luật đầu tư nước ngoài tại Việt Nam để áp dụng chung cho doanh nghiệp trong nước và doanh nghiệp đầu tư nước ngoài đã khắc phục sự khác biệt đối xử trong ưu đãi đầu tư, tạo ra môi trường cạnh tranh bình đẳng, thúc đẩy đầu tư trong nước và đầu tư nước ngoài cùng phát triển, góp phần quan trọng vào tăng trưởng kinh tế cao trong những năm vừa qua.
- Thứ hai, góp phần bảo đảm nguồn thu quan trọng của NSNN. Mặc dù đã hạ mức thuế và áp dụng các mức ưu đãi cao nhưng số thu NSNN về thuế TNDN vẫn bảo đảm tăng trưởng do có tác động cải thiện môi trường đầu tư, doanh nghiệp trong nước và doanh nghiệp đầu tư nước ngoài đều phát triển về số lượng, quy mô và hiệu quả kinh doanh, mức thuế hợp lý tác động đến việc tự giác sự tuân thủ tốt hơn...  Trong giai đoạn 2004 – 2007, số thu thuế TNDN (không kể thu từ dầu khí) đạt mức bình quân trên 30 ngàn tỷ đồng/năm với mức tăng trưởng bình quân hàng năm gần 17%. Luật thuế TNDN đã góp phần bảo đảm nguồn thu quan trọng của NSNN, đáp ứng nhu cầu chi tiêu ngày càng tăng về đầu tư phát triển kinh tế, văn hoá, xã hội, củng cố an ninh, quốc phòng của đất nước.
- Thứ ba, thúc đẩy cải cách hành chính trong quản lý thuế và ưu đãi đầu tư: Luật thuế TNDN áp dụng cơ chế doanh nghiệp tự tính, tự khai, tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính trung thực của số liệu đã kê khai thay cho cơ chế cơ quan thuế tính thuế, thông báo thuế, quyết toán thuế. Việc ban hành và thực thi Luật thuế TNDN đã đánh dấu một bước tiến về cải cách thủ tục hành chính trong quản lý thuế và đầu tư khi đề cao trách nhiệm của doanh nghiệp trong việc lựa chọn, xác định điều kiện và mức ưu đãi thuế mà không cần giấy phép, giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư. Nhờ việc chuyển sang cơ chế mới, cơ quan thuế có điều kiện tập trung nguồn lực vào công tác tuyên truyền, hỗ trợ, kiểm tra, giám sát để giúp cho doanh nghiệp thực hiện tốt các quy định của pháp luật.
2. Một số hạn chế
Bên cạnh những kết quả đạt được nêu trên, trong quá trình thực hiện và trước yêu cầu phát triển kinh tế xã hội trong giai đoạn tới, Luật thuế TNDN đã bộc lộ một số hạn chế, tồn tại như sau:
-Thứ nhất, mức thuế suất 28% tuy phù hợp với tình hình thực tế khi ban hành nhưng đến nay chưa thực sự cạnh tranh trong thu hút đầu tư nước ngoài do các nước trong khu vực đã có sự điều chỉnh giảm (ví dụ Trung Quốc đã hạ thuế suất từ 33% xuống 25%);
- Thứ hai, ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp còn dàn trải, phức tạp, chưa phát huy hiệu quả phân bổ nguồn lực trong đầu tư để đáp ứng yêu cầu về phát triển kinh tế theo vùng và lãnh thổ, nhất là thu hút đầu tư vào các địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn;
- Thứ ba, căn cứ tính thuế (bao gồm thu nhập chịu thuế, chi phí được trừ và không được trừ) chưa thực sự minh bạch, chưa phù hợp với thông lệ quốc tế;
- Thứ tư, một số nội dung đã được điều chỉnh bởi các luật khác như Luật quản lý thuế, Luật thuế thu nhập cá nhân… .
Vì vậy, để phát huy hơn nữa những ưu điểm của thuế TNDN cần thiết phải sửa đổi Luật thuế TNDN hiện hành để khắc phục những tồn tại nêu trên nhằm đáp ứng yêu cầu phát triển kinh tế - xã hội của đất nước trong giai đoạn tới như Chương trình cải cách hệ thống thuế đến năm 2010 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 201/2004/QĐ-TTg ngày 06/12/2004 đề ra là: “hoàn thiện theo hướng giảm mức thuế suất, giảm diện miễn, giảm thuế; thống nhất mức thuế suất và ưu đãi thuế giữa các thành phần kinh tế để khuyến khích đầu tư và đảm bảo bình đẳng trong cạnh tranh.”
II. Những điểm mới dự kiến sửa đổi nhằm hoàn thiện Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp
1. Về phạm vi điều chỉnh của Luật
Ngày 21 tháng 11 năm 2007, Quốc hội đã thông qua Luật thuế thu nhập cá nhân có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2009, trong đó các cá nhân, hộ kinh doanh đang nộp thuế TNDN được chuyển sang nộp thuế theo Luật thuế thu nhập cá nhân. Trước đó, Luật quản lý thuế (có hiệu lực thi hành từ ngày 01/07/2007) đã quy định các nội dung về quản lý thuế bao gồm đăng ký thuế, kê khai, nộp thuế, thanh tra, kiểm tra, xử lý vi phạm thuế TNDN.
Vì vậy, Luật thuế TNDN sửa đổi lần này chỉ quy định về các nội dung chính sách để bảo đảm sự thống nhất về thể thức văn bản Luật theo quy định của Luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật. Dự thảo Luật đề nghị bổ sung 01 điều quy định về phạm vi điều chỉnh của Luật : đối tượng nộp thuế, thu nhập chịu thuế, thu nhập được miễn thuế, căn cứ tính thuế, cách tính thuế và ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.
2. Về đối tượng nộp thuế
Đối tượng nộp thuế TNDN theo Dự thảo Luật này chỉ còn bao gồm các tổ chức, doanh nghiệp thuộc các thành phần kinh tế.
Hiện nay, ở nước ta đã có các tổ chức thuộc Hội khuyến nông, Hội khuyến học, Hội người cao tuổi, Hội bảo trợ người tàn tật.... và các tổ chức phi chính phủ nước ngoài được phép hoạt động tại Việt Nam (Hội đồng Anh, Cộng đồng Pháp ngữ, Trung tâm giáo dục của Hội đồng Bộ trưởng các nước ASEAN,...). Đây là các tổ chức có tham gia tích cực vào một số lĩnh vực của đời sống xã hội, cung cấp một số dịch vụ công mang tính tự nguyện, từ thiện (đào tạo, tư vấn đời sống, pháp luật, hoạt động giao lưu, phát triển văn hoá, nghiên cứu khoa học...). Thu nhập từ hoạt động của các tổ chức này được sử dụng cho mục đích, tôn chỉ được pháp luật thừa nhận như nêu trên, mà không phân chia. Tuy nhiên, Luật thuế TNDN và các văn bản hướng dẫn hiện hành chưa quy định rõ về đối tượng nộp thuế và chính sách điều tiết thu nhập đối với các tổ chức có thu nhập không chia mà áp dụng chung cơ chế, chính sách điều tiết như doanh nghiệp nên phần nào có ảnh hưởng đến sự phát triển các hoạt động của các tổ chức đó.
Kinh nghiệm quốc tế cho thấy các nước cũng quy định những đối tượng này thuộc đối tượng nộp thuế TNDN nhưng có những quy định đặc thù về thu nhập chịu thuế, chi phí được trừ khi tính thuế TNDN khác với quy định áp dụng cho các doanh nghiệp. Để phù hợp với tình hình thực tiễn nước ta, tham khảo có chọn lọc kinh nghiệm của các nước, Dự thảo Luật quy định cụ thể hơn về đối tượng nộp thuế  và bổ sung chính sách điều tiết thu nhập (trình bày tại điểm 3 và 4 dưới đây) đối với tổ chức có hoạt động kinh tế, có thu nhập nhưng không chia lợi nhuận cho chủ sở hữu.
Các quy định về quyền đánh thuế của nước ta đối với các tổ chức nước ngoài hoạt động tại Việt Nam hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam hiện hành đang được quy định tại các văn bản dưới luật nay cũng được đưa vào Dự thảo lần này để nâng cao cơ sở pháp lý trong thực hiện.
3.  Về thu nhập chịu thuế, thu nhập miễn thuế và thu nhập tính thuế
Luật hiện hành quy định thu nhập chịu thuế là phù hợp với thực tiễn tại thời điểm ban hành nhưng trước diễn biến thực tế của đời sống xã hội thì một số quy định không còn phù hợp, cần phải sửa đổi như sau:
- Về thu nhập chịu thuế : Trước đây, các doanh nghiệp được giao đất để kinh doanh nhà, cơ sở hạ tầng theo giá thấp nhưng giá bán nhà, cơ sở hạ tầng cùng với việc chuyển quyền sử dụng đất theo giá thị trường nên có thu nhập siêu ngạch. Vì vậy Luật có quy định thu thuế TNDN bổ sung. Tuy nhiên, kể từ năm 2005, thực hiện quy định của Luật đất đai, các trường hợp được giao đất để kinh doanh bất động sản phải thực hiện đấu giá đất, nộp theo giá đất sát giá thị trường nên không còn lợi nhuận siêu ngạch để thu bổ sung. Mặt khác, hoạt động kinh doanh bất động sản bao gồm cả việc bán nhà, tài sản gắn với việc chuyển quyền sử dụng đất nên khó có thể xác định riêng thu nhập từ chuyển quyền sử dụng đất với thu nhập từ bán tài sản trên đất. Vì vậy, để phù hợp với thực tế, nay đề nghị bỏ quy định thu bổ sung đối với chuyển quyền sử dụng đất mà áp dụng chính sách  riêng đối với thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản, bao gồm cả chuyển nhượng đất và tài sản trên đất. Thu nhập này không được áp dụng ưu đãi thuế.
- Về thu nhập miễn thuế: Luật hiện hành quy định thu nhập được miễn thuế tại nhiều điều khác nhau như tại Điều 2 quy định miễn thuế đối với thu nhập từ nông nghiệp của hợp tác xã ; Điều 19 quy định miễn thuế đối với một số loại thu nhập từ thực hiện hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, dịch vụ kỹ thuật trực tiếp phục vụ nông nghiệp,… . Ngoài ra, còn  có một số loại thu nhập xét về bản chất và ý nghĩa đối với kinh tế xã hội thì cần xem xét không thu thuế, như: thu nhập của doanh nghiệp từ hoạt động góp cổ phần, liên doanh liên kết (đã nộp thuế tại đơn vị nhận vốn góp), các khoản tài trợ nhận được của tổ chức có thu nhập không chia dùng cho hoạt động từ thiện, nhân đạo, văn hoá, giáo dục, nghệ thuật, nghiên cứu khoa học và các hoạt động xã hội khác vì mục tiêu hoà bình, hữu nghị, phát triển kinh tế - xã hội; thu nhập do người sau cai nghiện làm ra.
Để phù hợp với thực tế nêu trên, bảo đảm rõ ràng, minh bạch và thể hiện được chính sách điều tiết đối với từng loại thu nhập, Dự thảo Luật lần này đề nghị quy định rõ thu nhập chịu thuế, thu nhập được miễn thuế (không phải tính thuế) và thu nhập tính thuế trên cơ sở sắp xếp lại các Điều 2, Điều 19 của Luật hiện hành. Các nội dung sửa đổi này được thể hiện trong Dự thảo Luật tại Điều 3 (thu nhập chịu thuế), Điều 4 (thu nhập được miễn thuế) và Điều 8 (xác định thu nhập tính thuế).
4. Về các khoản chi được trừ và các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế
Luật thuế TNDN quy định cả chi phí được trừ và chi phí không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế. Cách quy định này là phù hợp với thực tiễn khi ban hành vì có thể giúp cho doanh nghiệp đối chiếu để tự kê khai.
Tuy nhiên, do thực tế nền kinh tế luôn vận động và phát triển theo cơ chế thị trường, hoạt động của doanh nghiệp theo xu hướng kinh doanh đa ngành, đa lĩnh vực,… nên đã phát sinh nhiều khoản chi mới mà quy định hiện hành chưa bao quát được hết dẫn đến việc hiểu và vận dụng khác nhau giữa doanh nghiệp và cơ quan quản lý nhà nước (kiểm toán, thanh tra, thuế), tạo cơ hội để sinh ra cơ chế “xin – cho”.
Để khắc phục hạn chế này, bảo đảm rõ ràng, minh bạch, tạo thuận lợi cho cho doanh nghiệp chủ động trong hạch toán kinh doanh, thực hiện tốt cơ chế tự khai, tự nộp, tự xác định nghĩa vụ thuế theo quy định của Luật quản lý thuế một cách có hiệu quả, Dự thảo Luật đề nghị sửa đổi theo hướng: quy định điều kiện để xác định khoản chi được trừ, liệt kê cụ thể các khoản không được trừ; những khoản không được liệt kê thì đương nhiên doanh nghiệp được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập.
5. Về cách tính thuế
Để thực hiện các cam kết quốc tế trong hiệp định tránh đánh thuế hai lần, Luật thuế TNDN hiện hành đã có quy định về việc xác định cơ sở thường trú và phương pháp xác định thu nhập chịu thuế theo nguyên tắc ưu tiên áp dụng các điều khoản của hiệp định nếu khác với quy định của nội luật. Căn cứ vào đó, Chính phủ đã quy định cụ thể đối với thu nhập nhận được ở nước ngoài.
Đến nay, ta đã tham gia nhiều cam kết quốc tế ở cấp Chính phủ có liên quan đến thuế TNDN như: xác định nghĩa vụ thuế đối với doanh nghiệp nước ngoài để bảo đảm quyền thu thuế của Việt Nam, quy định về tránh đánh thuế hai lần,... Qua tổng kết, đánh giá cho thấy các cam kết này đã được thực hiện ổn định và đi vào cuộc sống thời gian qua nhưng chưa được thể hiện rõ trong Luật thuế TNDN. Vì vậy, cần phải đưa các nội dung cam kết này vào Luật thuế TNDN để đảm bảo tính minh bạch và pháp lý cao hơn.
6.  Về nơi nộp thuế TNDN
Luật thuế TNDN quy định doanh nghiệp kê khai, nộp thuế tại tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương nơi đóng trụ sở chính. Quy định này là phù hợp với giai đoạn vừa qua là doanh nghiệp thường có trụ sở điều hành tại địa bàn địa phương nơi kinh doanh. Luật quản lý thuế tiếp tục kế thừa quy định nộp thuế TNDN tại nơi đóng trụ sở chính trong Luật thuế TNDN và đã tạo thuận lợi cho doanh nghiệp trong hạch toán tập trung, điều hành.
Tuy nhiên hiện nay các doanh nghiệp thường có cơ sở kinh doanh tại nhiều địa phương khác với địa phương đặt trụ sở chính. Tại những nơi này, chính quyền địa phương phải cung cấp nhiều dịch vụ phục vụ cho sản xuất – kinh doanh như: bệnh viện, trường học, nhà ở công nhân, vệ sinh môi trường, trật tự trị an... nhưng không có nguồn thu vì thuế TNDN được nộp tại nơi đóng trụ sở chính. Để giải quyết vấn đề này nhằm đảm bảo sự hài hoà mối quan hệ giữa quyền lợi và nghĩa vụ của doanh nghiệp với các địa phương nơi doanh nghiệp mở các nhà máy, cơ sở sản xuất hoặc thực hiện hoạt động sản xuất kinh doanh cần sửa đổi quy định về việc nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo hướng tạo điều kiện cho doanh nghiệp thực hiện nghĩa vụ đóng góp cho ngân sách địa phương.
7.  Về thuế suất và ưu đãi thuế 
Luật hiện hành quy định thuế suất phổ thông là 28%. Để khuyến khích đầu tư phát triển sản xuất, Luật quy định ba (03) mức thuế suất ưu đãi là 10%, 15% và 20% áp dụng trong thời gian tương ứng là 15 năm, 12 năm và 10 năm kể từ khi bắt đầu kinh doanh; thời gian miễn thuế tối đa là 4 năm kể từ khi có thu nhập chịu thuế, giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tuỳ thuộc vào nhiều tiêu chí ngành nghề, lĩnh vực, địa bàn ưu đãi đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư. Ngoài ra, Luật còn quy định miễn thuế, giảm thuế đối với dự án đầu tư mở rộng và một số trường hợp chính sách kinh tế - xã hội khác như khuyến khích ứng dụng khoa học, công nghệ, sử dụng lao động là đối tượng xã hội.
Về thuế suất: Tại thời điểm ban hành Luật thuế TNDN (2003), việc quy định mức thuế suất 28% đã được cân nhắc, tính toán kỹ, vừa bảo đảm thống nhất giữa đầu tư trong nước và đầu tư nước ngoài, vừa bảo đảm thấp hơn các nước có điều kiện về cơ sở hạ tầng tốt hơn ta: Mã-lai-xi-a (32%), Thái Lan (30%), Phi-lip-pin (35%) In-đô-nê-xi-a (30%, riêng thuế suất đối với doanh nghiệp trong lĩnh vực khai thác mỏ, dầu khí, thuỷ điện từ 30% đến 45%) và Trung Quốc (33%).
Gần đây, do tác động của quá trình toàn cầu hóa, cạnh tranh giữa các quốc gia ngày càng gay gắt hơn nên nhiều nước trên thế giới và trong khu vực đã sử dụng thuế TNDN như là một công cụ quan trọng để tăng sức hấp dẫn thu hút đầu tư. Xu hướng quốc tế gần đây cho thấy nhiều nước chuyển từ ưu đãi nhiều ngành, lĩnh vực sang ưu đãi theo diện rộng, khuyến khích tổng thể nền kinh tế bằng chính sách điều tiết thuế TNDN hợp lý (hạ thuế suất), chỉ tập trung ưu đãi để phát triển một số rất ít ngành mũi nhọn và vùng đặc biệt khó khăn. Ví dụ: Trung Quốc bên cạnh việc hạ thuế suất thuế TNDN từ 33% xuống còn 25% còn xoá bỏ (theo lộ trình 5 năm) hầu hết các ưu đãi thuế, kể cả ưu đãi đối với các doanh nghiệp đầu tư nước ngoài trước đây. Đối với lĩnh vực, Trung quốc chỉ còn ưu tiên cho doanh nghiệp có công nghệ cao đồng thời là công nghệ mới; đối với địa bàn Trung quốc chỉ có ưu đãi thuế cho các doanh nghiệp đầu tư vào các vùng tự trị và khó khăn ở phía Tây; Singapore đã hạ thuế suất thuế TNDN từ 20% xuống còn 19%; Philipines giảm từ 35% xuống 30%.
Vì vậy để khuyến khích tổng thể nền kinh tế, tạo thuận lợi cho cộng đồng doanh nghiệp có điều kiện tăng tích luỹ, tích tụ, thêm nguồn lực để đầu tư phát triển sản xuất kinh doanh và cũng là tăng khả năng cạnh tranh với các nước trong khu vực, dự thảo Luật dự kiến hạ mức thuế suất phổ thông từ 28% xuống 25%, bỏ thu thuế bổ sung đối với thu nhập từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất để áp dụng chung mức thuế suất của hoạt động kinh doanh bất động sản.
Về ưu đãi thuế: Để thống nhất không phân biệt đối xử giữa các thành phần kinh tế, giữa đầu tư trong nước với đầu tư nước ngoài, các quy định về ưu đãi thuế được tổng hợp từ tất cả các văn bản pháp luật ban hành từ lúc nền kinh tế nước ta mới mở cửa, môi trường đầu tư kém hấp hẫn, cơ sở hạ tầng còn khó khăn,... trên nguyên tắc chọn mức ưu đãi cao nhất, thuận lợi nhất.
Các chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp nêu trên đã phát huy tác dụng tích cực trong cải thiện môi trường đầu tư trong những năm đầu mới ban hành. Tuy nhiên, trước thực tế phát triển kinh tế, xã hội thì chính sách ưu đãi này ngày càng bộc lộ nhược điểm dàn trải, phức tạp; chưa đáp ứng được yêu cầu là công cụ phân bổ nguồn lực để phát triển kinh tế theo vùng và lãnh thổ, nhất là các địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn
Do ưu đãi dàn trải vừa theo ngành nghề, lĩnh vực, vừa theo địa bàn (90% số lượng ngành kinh tế cấp II được hưởng ưu đãi thuế; 32% số huyện thuộc diện ưu đãi và 24% số huyện thuộc diện đặc biệt ưu đãi; 154 Khu công nghiệp, Khu chế xuất, 10 Khu kinh tế, 23 Khu kinh tế cửa khẩu do Trung ương thành lập;  hàng trăm khu công nghiệp nhỏ và vừa, cụm công nghiệp do địa phương thành lập, chưa kể các điểm công nghiệp, cũng thuộc diện ưu đãi) nên các nhà đầu tư, đặc biệt là nhà đầu tư nước ngoài, đều tập trung chủ yếu vào các Khu công nghiệp, Khu chế xuất hoặc những địa bàn thuận lợi tại TP. Hồ Chí Minh, Hà Nội, Hải Phòng, Đồng Nai, Bình Dương, Bà Rịa Vũng Tàu, Vĩnh Yên, Hải Dương, Hưng Yên, Bắc Ninh. 
Vì vậy, để chính sách ưu đãi thuế phát huy tác dụng là công cụ tạo sự chuyển biến trong phân bổ nguồn lực, thực hiện thu hút đầu tư có chọn lọc, có hiệu quả, nâng cao chất lượng nhà đầu tư,… dự thảo Luật đề nghị: Cùng với việc hạ mức thuế suất chung từ 28% xuống 25% như nêu trên, chính sách ưu đãi thuế được cải cách theo hướng vừa đơn giản, vừa tạo khoảng cách đủ lớn giữa các mức ưu đãi, tăng sức hấp dẫn để thu hút đầu tư vào các địa bàn khó khăn, kém phát triển và một số ngành nghề mũi nhọn. Cụ thể như sau:
+ Giữ nguyên mức ưu đãi cao nhất về thuế thu nhập doanh nghiệp (thuế suất 10% trong 15 năm và miễn thuế tối đa trong 4 năm, giảm 50% số thuế tối đa trong 9 năm tiếp theo đối với các doanh nghiệp mới thành lập, hoạt động tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn và các doanh nghiệp mới thành lập, hoạt động trong các lĩnh vực mũi nhọn như: công nghệ cao, nghiên cứu và phát triển, các lĩnh vực được xã hội hoá gồm: giáo dục - đào tạo, y tế, văn hoá - nghệ thuật, thể thao và bảo vệ môi trường. Đối với các trường hợp đặc biệt thì có thể được hưởng thuế suất 10% trong thời gian dài hơn theo quy định của Chính phủ.
+ Giữ mức thuế suất 20% trong thời gian 10 năm, được miễn thuế tối đa 2 năm và giảm 50% tối đa 4 năm áp dụng với các địa bàn kinh tế - xã hội khó khăn như hiện hành. Đồng thời bỏ mức thuế suất 15% là mức thuế suất hiện hành chủ yếu áp dụng đối với các dự án thuộc lĩnh vực khuyến khích đầu tư và thực hiện tại địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn để vừa đơn giản, vừa tạo sức hấp dẫn của các mức ưu đãi 10% và 20% như nêu trên.
+ Các trường hợp đầu tư mở rộng, đầu tư theo chiều sâu sẽ được trích khấu hao nhanh hơn so với mức thông thường thay thế cho việc giảm thuế hiện nay để bảo đảm tính khả thi và minh bạch.
+ Thời gian bắt đầu tính ưu đãi thuế là năm đầu tiên có doanh thu.
+ Ngoài ra, dự thảo Luật còn quy định ưu đãi mới cho tất cả các doanh nghiệp: được trích đến 10% thu nhập trước khi tính thuế hàng năm để lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ, như quy định tại Điều 45 của Luật chuyển giao công nghệ nhằm tạo thuận lợi, khuyến khích doanh nghiệp chủ động đầu tư phát triển, ứng dụng công nghệ mới, đổi mới thiết bị (đã được Chính phủ nhất trí trình Uỷ ban Thường vụ Quốc hội).
Xét về mặt tổng thể, việc thiết kế thuế suất và các ưu đãi thuế nêu trên đảm bảo duy trì được chính sách ưu đãi hiện hành (thậm chí còn ưu đãi cao hơn), tạo được động lực khuyến khích mới cho toàn bộ nền kinh tế như Chương trình cải cách thuế đến năm 2010 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt sau khi Bộ Chính trị đã có ý kiến. Bên cạnh đó, hệ thống chính sách ưu đãi này khắc phục được các hạn chế, tồn tại của chính sách hiện hành về tính phức tạp, dàn trải và hạn chế trong việc ưu tiên phân bổ nguồn lực cho vùng đặc biệt khó khăn. Đồng thời, hệ thống ưu đãi này bảo đảm cải thiện được môi trường đầu tư, kinh doanh của nước ta phù hợp với xu thế của các nước trên thế giới và trong khu vực, nâng cao tính cạnh tranh cộng đồng doanh nghiệp và nền kinh tế.
Việc điều chỉnh giảm thuế suất và sắp xếp lại ưu đãi thuế như trên đây về cơ bản bảo đảm sẽ không ảnh hưởng đến số thu ngân sách. Tuy có giảm thuế do hạ thuế suất phổ thông từ 28% xuống 25% nhưng bù lại, với chính sách ưu đãi đồng bộ và môi trường đầu tư, kinh doanh thuận lợi hơn, cùng với việc tăng trưởng kinh tế sẽ tạo nên sự tăng trưởng nguồn thu một cách bền vững, ổn định trong tương lai.  Ngoài ra, việc sửa đổi lần này còn bảo đảm tính rõ ràng, minh bạch trong xác định chi phí được trừ, thu nhập chịu thuế, ưu đãi thuế cũng sẽ khuyến khích doanh nghiệp nâng cao tính tự giác trong kê khai nộp thuế, trên cơ sở đó bảo đảm tăng thu trong dài hạn.
8. Về điều kiện ưu đãi thuế
Luật hiện hành vừa quy định về thủ tục, vừa quy định về điều kiện để hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Luật quản lý thuế đã bãi bỏ các quy định về quản lý thuế trong các luật thuế, do đó Dự thảo Luật chỉ quy định về điều kiện để hưởng ưu đãi theo hướng kế thừa quy định hiện hành.